L’empreinte environnementale du CERN est loin d’être négligeable : 1 251 GWh d’électricité par an, 223 800 teqCO₂, 3 477 000 m³ d’eau, rayonnements ionisants, bruit, etc. Il l'évoque dans un premier rapport permettant de se faire une idée de l'impact d'une telle mégastructure dédiée à la recherche.